Το όνομα Κύθηρα (Τσιρίγο) έχει βαθιά στην ιστορία τις ρίζες του. Ο Όμηρος το αναφέρει στο επικό του έργο, την Ιλιάδα, ενώ η θεά Αφροδίτη , η θεά του Έρωτα, ταυτίζεται με το νησί και παίρνει το όνομα Κυθέρεια ( Ακύθηρος λεγόταν ο στερούμενος θέλγητρων άνθρωπος).
Ο Ισίδωρος (γεωγράφος του Α΄ μ.Χ. αιώνα) υποστήριξε μια "ανατρεπτική" άποψη, ότι δηλαδή το νησί έλαβε το όνομά του από την Κυθέρεια Αφροδίτη και όχι το αντίστροφο. Μάλιστα, μίλησε πρώτη φορά για τη σημασία του ρ. κεύθω και τη σχέση του με τη θεά και το νησί. Κεύθω σημαίνει κρύβω τον έρωτα, ενώ εκείνοι που κάνουν έρωτα στο νησί (στο μέρος εκείνο, δηλ. τα Κύθηρα), ανακαλύπτουν το κρυμμένο ερωτικό πάθος. Η ονομασία του νησιού συναντάται στον πληθυντικό ίσως από την ύπαρξη και των διπλανών Αντικυθήρων.
Έχει ενδιαφέρον να αναφερθεί ότι στην Κύπρο υπάρχει περιοχή Κυθραία ή Κύθρα, όπου βρέθηκαν αγάλματα της θεάς Αφροδίτης, ενώ η κοινή ονομασία της περιοχής είναι Τζυρκά.